E como acontece quando há universidade envolvida? Quando há universidade envolvida um órgão chamado NIT (regido pela lei de inovação 10.973/04) que cada universidade possui participará de todo o processo ( http://www.unifesp.br/reitoria/nit/instrucoes ) seguindo o rito abaixo:

Você preencherá o formulário
e encaminhará ao NIT lembrando ser necessário o relatório descritivo (onde descreve a invenção claramente) e desenhos ( se necessário).

– Dicas: Faça os desenhos para facilitar o entendimento, para isso pode contratar um desing industrial de preferência.

Termo de partilha é o documento que define a divisão entre os inventores e universidade, aqui na UNIFESP o link:
http://www.unifesp.br/reitoria/nit/termo-de-partilha